刚果河左岸支流多发源自安哥拉、赞比亚;右岸支流多发源自喀麦隆、中非，干流流经赞比亚、刚果民主共和国和刚果共和国。
源流赞比西河向西南流480公里，经班韦乌卢Bangweulu湖沼泽地带后，称卢阿普拉Luapula河，为赞比亚与刚果民主共和国的界河;再向北流560公里进入姆韦鲁Mweru湖该湖最大长度122公里，平均宽约50公里，出姆韦鲁湖至安科罗城的河段称卢武阿Luvua河，向西北流350公里，在安科罗附近汇入卢阿拉巴1ualaba河。从源流谦比西河算起，卢武阿河全长1512公里，总流域面积25万平方公里。
过基桑加尼Kisangani后称刚果河，经博约马Boyoma瀑布向西北流，后转向西南流，在金沙萨以南为一系列峡谷，急滩和瀑布，于博马Boma附近汇人大西洋。
由河源至基桑加尼Kisangani为上游，长2200公里，该河段自南向北流经高度不等的高原和陡坡地带，水流湍急。从基桑加尼至金沙萨Kinshasa为中游，长约1700公里，流经地势低平的刚果盆地中部，支流众多，河网密布，河道纵坡平缓，水量丰富，水流平稳，河面变宽。基桑加尼处河宽800米，往下河面展宽至4～10公里，有的地方可达14公里，水深在10米左右。
因中游河水流速缓慢，形成许多辫状河道，河中有沙洲和岛屿，沿岸多沼泽和湖泊，有众多支流汇入。金沙萨向西南到大西洋岸为下游，长360公里，先穿越100多公里的峡谷地带，河宽收缩到400米以下，最窄处仅200余米，形成一系列瀑布，组成世界著名的利文斯敦瀑布群。从马塔迪Matadi往下，河道扩展，河宽水深，水流分汊，河口处宽达数公里。
刚果河的上游位于赞比亚境内东非大裂谷的高地山区，源头称谦比西河，过姆韦鲁湖后称卢阿普拉河，向北与发源于坦噶尼喀湖的卢阿拉巴河汇合后，过了基桑加尼附近的斯坦利瀑布后称为刚果河，折向西流，进入中游。上游地区多湖泊和沼泽。进入中游后，刚果河逐渐改向西南，接纳多条支流，最后与乌班吉河合并，进入马莱博湖，金沙萨和布拉柴维尔隔湖相对。
总结：金沙萨以下，进入下游。下游刚果河切穿晶山山脉，河面变窄，多峡谷、急流和瀑布，经过马塔迪和博马，在姆安达小镇边入海。